La actualización de ubuntu a la última versión, la 9.10 vino acompañada de un problema en muchos de los botones de eclipse, por ejemplo a la hora de realizar una búsqueda, los botones de siguiente, reemplazar, reemplazar y siguiente, dejaban de funcionar al pincharlos con el ratón.

Este problema no tiene que ver con el propio eclipse, sino con la actualización de las librerías gtk.

Buscando por internet, la única forma que he encontrado de arreglar el problema es que la variable de entorno GDK_NATIVE_WINDOWS tenga el valor 1.

En línea de comando tendremos que ejecutar el eclipse de la siguiente manera:

GDK_NATIVE_WINDOWS=1 /path/al/eclipse

Si tenemos creado un lanzador de eclipse y queremos que al ejecutarse modifique esta variable de entorno, tendremos que ir a las propiedades del lanzador y donde pone comando poner:

sh -c "GDK_NATIVE_WINDOWS=1 /path/al/eclipse"

Con esto cada vez que se ejecute el eclipse ya funcionarán todos los botones normalmente.